Le lycée militaire d’Autun est le seul établissement de l’armée de Terre qui dispose d’une filière technologique tertiaire en plus des filières générales du baccalauréat.

Langues vivantes A : Anglais, allemand
Langues vivantes B : Anglais, allemand, espagnol
Options : Sports, arts plastiques, Brevet d’initiation aéronautique, Section européenne mathématiques - anglais, section européenne SES - Anglais, LV3 chinois, musique (à partir de la classe de première)
La section Européenne Mathématiques - Anglais se poursuit pour la filière scientifique et permet aux élèves ayant suivi cette formation de présenter le baccalauréat S avec la mention "Section Européenne".
La section Européenne SES- Anglais se poursuit pour la filière Économique et Sociale et permet aux élèves ayant suivi cette formation de présenter le baccalauréat ES avec la mention "Section Européenne".
— sciences économiques et sociales
— sciences de l’ingénieur
— Méthodes et pratiques scientifiques
— Littérature et société
— Tutorat
— Approfondissement en sciences
— Approfondissement en économie

Chaque soir les élèves bénéficient de deux heures d’étude surveillée et d’une heure d’étude libre.
Heures de soutien et renforcement pédagogique dans les disciplines fondamentales.
Deux sessions d’examens blancs par an dès la classe de seconde.